Идея создания специального органа, который бы осуществлял внешний финансовый контроль за использованием средств областного бюджета, внебюджетных фондов и областной государственной собственности, принадлежала группе депутатов Читинской областной Думы первого созыва. В результате инициативы депутатов в Уставе – Основном законе Читинской области, появилось положение о праве создания областной Думой Контрольно-счетной палаты. 30 мая 1996 года одним из первых в стране был принят Закон Читинской области №48-ЗЧО «О Контрольно-счетной палате Читинской области», определивший статус, функции и полномочия контрольного органа. За истекшие годы данный закон усовершенствовался, обогащался новыми нормами и положениями.

В соответствии с Федеральным Конституционным законом Российской Федерации от 21 июля 2007 года №5-ФКЗ в составе Российской Федерации в результате объединения Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа был образован новый субъект Российской Федерации – Забайкальский край. В связи с этим Контрольно-счетная палата Читинской области была преобразована в Контрольно-счетную палату Забайкальского края. Закон Забайкальского края №170-ЗЗК «О Контрольно-счетной палате Забайкальского края» был принят депутатами Законодательного Собрания Забайкальского края 30 апреля 2009 года. В новом статусе Контрольно-счетная палата начала свою работу с 1 июля 2009 года.

На момент образования штатная численность палаты составляла 9 единиц: председатель, его заместитель, 3 специалиста (аудитора), консультант, 2 главных специалиста и ведущий специалист. В разные периоды Контрольно-счетную палату возглавляли: Сутурин Сергей Васильевич, Пархимович Игорь Фомич, Павлов Валерий Емельянович, Доробалюк Светлана Алексеевна. С 24 апреля 2023 года председателем Контрольно-счетной палаты является Семенов Дмитрий Анатольевич.

Заместителями председателя палаты за годы ее существования являлись Павлов Валерий Емельянович, Климов Вадим Павлович, Пьянникова Надежда Федоровна, Светлакова Лариса Викторовна. С 1 декабря 2019 года на эту должность назначен Замешаев Сергей Михайлович.

Для планирования и организации деятельности палаты, выработки методологии контрольной и экспертно-аналитической деятельности, рассмотрения и утверждения материалов контрольных мероприятий и решения других важнейших вопросов образована Коллегия Контрольно-счетной палаты, в состав которой входят председатель, заместитель председателя и аудиторы КСП.

Материалы контрольных мероприятий, аналитические записки, заключения по результатам проведенных Контрольно-счетной палатой экспертиз регулярно направляются для рассмотрения и принятия мер в Законодательное Собрание, Губернатору Забайкальского края, правоохранительные органы, проверяемые учреждения и организации. Экспертные заключения на законопроекты и иные нормативные документы, подготовленные специалистами КСП, используются для выявления фактов соответствия действующему бюджетному и финансовому законодательству и принимаются во внимание депутатами Законодательного Собрания и Правительством Забайкальского края.

В целях повышения результативности деятельности Контрольно-счетная палата тесно взаимодействует с другими органами государственной власти и финансового контроля, правоохранительными органами края на основе заключенных двусторонних соглашений. Специалисты палаты плодотворно контактируют и поддерживают постоянные рабочие отношения с коллегами из соседних регионов: Республики Бурятия, Красноярского края, Новосибирской и Иркутской областей.

Принятием Федерального закона от 07.02.2011 №6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации, федеральных территорий и муниципальных образований», который вступил в силу с 1 октября 2011 года, удалось заложить многие положения, которые необходимы для становления системы внешнего финансового контроля и эффективной деятельности контрольно-счетных органов. Кроме того, законом предопределено системное единство всех ветвей внешнего финансового контроля, предполагающее взаимодействие, сотрудничество, взаимопомощь контрольно-счетных органов всех уровней.

Одной из задач реализации указанного закона является создание полноценной системы муниципального финансового контроля. В Забайкальском крае на профессиональной основе созданы постоянно действующие муниципальные контрольно-счетные органы.
В целях обеспечения эффективности деятельности органов государственного и муниципального внешнего финансового контроля в регионе, координации деятельности контрольно-счетных органов и укрепления сотрудничества между ними в марте 2010 года была создана Ассоциация контрольно-счетных органов Забайкальского края, которая в сентябре 2013 года была преобразована в Совет контрольно-счетных органов Забайкальского края.

2 ноября 2011 года в целях реализации Федерального закона №6-ФЗ Законодательным Собранием Забайкальского края был принят Закон Забайкальского края №579-ЗЗК «О Контрольно-счетной палате Забайкальского края», на основании которого КСП осуществляет свою деятельность.

Контрольно-счетная палата Забайкальского края является постоянно действующим органом внешнего государственного финансового контроля, образуется Законодательным Собранием Забайкальского края и подотчетна ему, обладает организационной и функциональной независимостью и осуществляет свою деятельность самостоятельно.